Configuración de defecto sustantivo – Fecha Publicación: 13/08/2026

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Radicado: 11001-03-15-000-2025-08089-01
Demandante: Víctor Manuel Liñeiro Coronado
CONSEJO DE ESTADO
SALA DE LO CONTENCIOSO ADMINISTRATIVO
SECCIÓN CUARTA
CONSEJERA PONENTE: CLAUDIA RODRÍGUEZ VELÁSQUEZ
Bogotá D.C., trece (13) de agosto de dos mil veintiséis (2026)
Referencia: ACCIÓN DE TUTELA
Radicado: 11001-03-15-000-2025-08089-01
Demandante: VICTOR MANUEL LIÑEIRO CORONADO
Demandado: TRIBUNAL ADMINISTRATIVO DEL PUTUMAYO
Temas: Tutela contra providencia judicial. Medio de control de nulidad
y restablecimiento del derecho – Sanción moratoria por pago
tardío de cesantías con régimen retroactivo. Defecto
sustantivo, desconocimiento del precedente judicial y violación
directa de la Constitución.
SENTENCIA SEGUNDA INSTANCIA
La Sala decide la impugnación presentada por la parte demandante contra la
providencia de 6 de marzo de 2026, dictada por el Consejo de Estado, Sección
Tercera, Subsección C, que declaró improcedente la acción de tutela interpuesta
contra el Tribunal Administrativo del Putumayo.
I. ANTECEDENTES
1. Pretensiones
El 18 de diciembre de 2025, Víctor Manuel Liñeiro Coronado interpuso acción de
tutela contra el Tribunal Administrativo del Putumayo, por estimar vulnerados sus
derechos fundamentales al debido proceso, al acceso a la administración de
justicia, a la igualdad y a la defensa, así como el principio de favorabilidad en
materia laboral.
En consecuencia, formuló las siguientes pretensiones:
«Primero. se tutele mis derechos fundamentales a la igualdad, al debido proceso,
derecho de defensa y al acceso efectivo a la administración de justicia, el cual se
vulneró con la sentencia de segunda instancia del (24) de julio del año (2025) proferida
dentro del proceso de nulidad y restablecimiento del derecho radicación: 860013333002-
2020-00092-01, misma que fue notificada por correo electrónico el día (25) de julio del año
(2025), con ponencia del Honorable Magistrado Ponente: Manuel Alí Rodríguez Mustafá,
por medio de la cual se revocó la sentencia de primera instancia proferida el día (28) de
febrero del año (2023) por el Juzgado Segundo Administrativo del Circuito de Mocoa, en
donde resolvió a mi favor y condenó lo siguiente:
Primero. – Declarar infundada la excepción de inexistencia del derecho
reclamado por inaplicabilidad de la ley 50 de 1990 y no aplicabilidad de la ley
344 de 1996, propuesta por el departamento del Putumayo.
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Demandante: Víctor Manuel Liñeiro Coronado
Segundo. – Declarar la nulidad del acto administrativo contenido en la
Resolución No. 4465 del 8 de octubre de 2019, por medio del cual el
Departamento del Putumayo negó el reconocimiento y pago de la sanción
moratoria por el pago tardío de cesantías parciales de que trata la ley 244 de
1995 modificada por la ley 1071 de 2006, al señor Víctor Manuel Liñeiro
Coronado, identificado con cédula de ciudadanía No. 18.124,763, de
conformidad con las razones expuestas en la parte motiva del presente proveído.
Tercero. – A título de restablecimiento del derecho, condenar a al departamento
del Putumayo a que reconozca, liquide y pague al señor Víctor Manuel Liñeiro
Coronado, identificado con cédula de ciudadanía No. 18.124,763, la sanción
moratoria, correspondiente a la suma resultante de los días en que la
demandada incurrió en mora, esto es, desde el desde el 9 de mayo de 2017,
hasta el 24 de mayo de 2019. En consecuencia, la condena implica el
reconocimiento y pago de un día de salario vigente para la época de causación,
es decir para el año 2018 – por cada día de retardo dentro del transcurso de la
mora.
Cuarto. – La accionada dará cumplimiento a la sentencia en los términos de los
artículos 187, 192 y 195 del Código de Procedimiento Administrativo y de lo
Contencioso Administrativo, y deberá reconocer intereses sobre los valores
adeudados, si a ello hubiere lugar, en la forma prevista en el artículo 192 ibidem,
de acuerdo con las consideraciones antes expuestas.
Quinto. – Condenar en costas y agencias en derecho al departamento del
Putumayo, parte vencida dentro del presente litigio las que serán liquidadas por
Secretaría, en orden de lo dispuesto en el artículo 366 del Código General del
Proceso.
(…)».
2. Hechos
De la lectura del expediente, se advierten como hechos relevantes los siguientes:
Mediante Resolución número 4465 del 8 de octubre de 2019, el departamento del
Putumayo, negó el reconocimiento y pago de la sanción moratoria por el pago tardío
de cesantías parciales, solicitados por el señor Víctor Manuel Liñeiro Coronado. El
peticionario fundamentó su solicitud en las Leyes 244 de 1995 y 1071 de 2006, y
demás normas concordantes y complementarias.
El señor Víctor Manuel Liñeiro Coronado promovió demanda, en ejercicio del medio
de control de nulidad y restablecimiento del derecho, contra el departamento del
Putumayo, con el fin de que se declarara la nulidad de ese acto administrativo y, a
título de restablecimiento del derecho, se ordenara el reconocimiento y pago de la
sanción moratoria por el pago extemporáneo de las cesantías.
El Juzgado Segundo Administrativo del Circuito de Mocoa, mediante sentencia del
28 de febrero de 2023, declaró la nulidad del acto administrativo demandado. A
título de restablecimiento del derecho, condenó al departamento del Putumayo a
reconocer, liquidar y pagar al señor Liñeiro Coronado la sanción moratoria derivada
del pago extemporáneo de sus cesantías, causada entre el 9 de mayo de 2017 y el
24 de mayo de 2019, equivalente a un día de salario por cada día de retardo, hasta
la fecha en que se efectuara el pago. Asimismo, ordenó el pago de los intereses
moratorios, las costas procesales y las agencias en derecho.
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Inconforme con la decisión de primera instancia, la entidad accionada interpuso
recurso de apelación, al considerar que al señor Liñeiro Coronado no le eran
aplicables las Leyes 50 de 1990 y 344 de 1996, normas que regulan el régimen
anualizado de cesantías y el actor se encuentra cobijado por el régimen retroactivo.
Sostuvo que su vinculación como empleado público del ente territorial se produjo
con anterioridad a la entrada en vigencia de la Ley 344 de 1996, razón por la cual
no podía ser beneficiario de dicho régimen.
Mediante sentencia del 24 de julio de 2025, el Tribunal Administrativo del Putumayo
revocó la sentencia apelada y condenó en costas a la parte demandante. Como
fundamento de esa decisión, esa Corporación sostuvo que el actor no tiene
derecho a que se le reconozca y pague la sanción moratoria, por cuanto dicha
penalidad es propia del régimen anualizado y el accionante pertenece al régimen
retroactivo de cesantías. Asimismo, señaló que tampoco obra en el expediente
prueba que demuestre que el actor se hubiere acogido de manera voluntaria al
régimen de liquidación anual de cesantías.
3. Argumentos de la acción de tutela
A juicio de la parte actora, la autoridad judicial accionada incurrió en defecto
sustantivo derivado de la falta de aplicación de los artículos 2 de la Ley 244 de 1995
y 5 de la Ley 1071 de 2006, los cuales prevén la sanción moratoria por el pago
tardío de las cesantías en favor de los servidores públicos, sin establecer distinción
entre quienes pertenecen al régimen retroactivo o anualizado de cesantías.
Además, sostuvo que el tribunal incurrió en desconocimiento del precedente
jurisprudencial, por cuanto, se apartó de la postura acogida por la Sección Segunda
del Consejo de Estado, en la sentencia de unificación del 18 de julio de 20181. En
dicha decisión, esa Corporación extendió la aplicación de la sanción moratoria
contemplada en las Leyes 244 de 1995 y 1071 de 2006 a todos los servidores
públicos, incluidos los docentes con vinculación legal y reglamentaria con el Estado.
Sin embargo, el tribunal pasó por alto lo decidido por el órgano de cierre de la
jurisdicción contencioso-administrativa.
Asimismo, señaló que las anteriores omisiones vulneraron de manera directa sus
derechos fundamentales al debido proceso, al acceso a la administración de
justicia, a la igualdad y a la defensa. En su criterio, esas actuaciones condujeron a
que el Tribunal incurriera en violación directa de la Constitución.
4. Trámite previo
El 30 de enero de 2026, el Consejo de Estado, Sección Tercera, Subsección C,
admitió la acción de tutela y ordenó notificar la actuación al demandante, a la parte
accionada y vinculó como terceros con interés al departamento del Putumayo y al
Juzgado Segundo Administrativo del Circuito de Mocoa2.
1 Sentencia de unificación por importancia jurídica, sentencia CE-SUJ-SII-012-2018, del 18 de julio
de 2018 expediente: 73001-23-33-000-2014-00580-01, no. interno: 4961-2015.
2 El 17 de julio de 2026 el proceso de la referencia ingresó al despacho para conocer de la tutela
en segunda instancia.
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5. Oposición
El Tribunal Administrativo del Putumayo, por conducto del magistrado
sustanciador de la sentencia controvertida en esta acción de tutela, solicitó que la
solicitud de amparo fuera declarada improcedente y, de manera subsidiaria, que se
mantuviera incólume la sentencia proferida por esa Corporación. Lo anterior, por
cuanto la sentencia objeto de reproche se encuentra debidamente sustentada en
las normas que regulan el régimen retroactivo de cesantías, el cual, en su criterio,
resulta aplicable al caso concreto.
Argumentó que el accionante se vinculó al departamento del Putumayo en 1994,
es decir, antes de la entrada en vigor de la Ley 244344 de 1996, razón por la cual
se encuentra cobijado por el régimen retroactivo de cesantías. En ese sentido,
sostuvo que la sanción moratoria de las Leyes 244 de 1995 y 1071 de 2006
únicamente resulta procedente respecto de los servidores públicos sometidos al
régimen anualizado de cesantías o de aquellos que se hubieran trasladado de
manera voluntaria a este. En consecuencia, comoquiera que en el expediente no
obraba prueba que demostrara que el accionante se hubiera trasladado
voluntariamente al régimen anualizado, el Tribunal concluyó que no tiene derecho
al reconocimiento de la sanción moratoria reclamada.
6. Terceros con interés
El Juzgado Segundo Administrativo del Circuito de Mocoa envió el enlace
correspondiente al proceso de nulidad y restablecimiento del derecho con radicado
núm. 86001-33-33-002-2020-00092-00.
El departamento del Putumayo guardó silencio, pese a haber sido notificado en
debida forma.
7. Sentencia de primera instancia
La Sección Tercera, Subsección C del Consejo de Estado, en sentencia de 6
de marzo de 2026, declaró improcedente la presente acción de tutela, debido a que
no se cumple el requisito de relevancia constitucional, pues «no se acreditó una
afectación directa, manifiesta y ostensible de derechos fundamentales».
El a quo concluyó que, en el caso particular, la inconformidad planteada en el escrito
de tutela se limitó a un ámbito de legalidad y de contenido económico y no desbordó
la órbita propia de la interpretación judicial ordinaria. En ese sentido, el propósito
de la parte accionante con la presentación de esta solicitud de amparo fue abrir un
debate jurídico ya definido en el proceso ordinario, pues no se evidenció «una
actuación judicial ostensiblemente arbitraria, caprichosa o abiertamente contraria a
la Constitución».
8. Impugnación
La parte actora impugnó la decisión de primera instancia al considerar que el ad
quo aplicó equivocadamente la Ley 50 de 1990 al caso concreto, pues esta norma
regula el régimen anualizado de cesantías y establece la sanción moratoria por la
consignación extemporánea de las cesantías, es decir, luego del 15 de febrero del
año siguiente. Sostuvo que su solicitud estuvo fundamentada en la sanción
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moratoria de que trata las Leyes 244 de 1995 y 1071 de 2006, la cual se deriva de
la falta de pago oportuno de las cesantías, beneficio que se extendió a los docentes
vinculados con el Estado, por medio de la sentencia de unificación proferida el 18
de julio de 2018, con independencia de si pertenece al régimen anualizado o
retroactivo de cesantías.
Enfatizó que con la presente solicitud de amparo no tiene por objeto reabrir un
debate de legalidad ya definido por el juez natural. Por el contrario, busca plantear
un debate constitucional en estricto sentido, pues reprocha que el Tribunal
Administrativo del Putumayo, en la sentencia del 24 de julio de 2025, incurrió en
defecto sustantivo, al fundamentar su decisión en un marco normativo ajeno al
régimen de cesantías que le resulta aplicable.
En particular, sostuvo que esa Corporación aplicó de manera indebida el numeral
3 del artículo 99 de la Ley 50 de 1990, disposición que opera cuando la entidad
pública omite consignar oportunamente las cesantías a los servidores públicos que
se encuentran en régimen anualizado de cesantías. A su juicio, esa interpretación
desconoce que el accionante pertenece al régimen retroactivo de cesantías,
circunstancia que impedía aplicar esa normativa al resolver el caso concreto.
Precisó que la falta de aplicación de las Leyes 244 de 1995 y 1071 de 2006,
disposiciones que establecen el pago de las cesantías definitivas o parciales a los
servidores públicos y contemplan la sanción moratoria, tanto para el régimen
retroactivo como anualizado, fue determinante en el sentido de la decisión adoptada
por el tribunal. En su criterio, al haberse aplicado tales disposiciones, la controversia
habría sido resuelta de manera favorable a sus intereses.
En esa medida, concluyó que la Corporación accionada vulneró gravemente sus
derechos fundamentales, porque omitió dar aplicación a las normas relevantes para
la solución de su caso. En consecuencia, consideró desvirtuado el argumento del a
quo relacionado con la falta de relevancia constitucional del asunto, lo que permite
abordar el estudio material de los defectos alegados.
II. CONSIDERACIONES DE LA SALA
La acción de tutela está consagrada en el artículo 86 de la Constitución Política,
reglamentado por el Decreto 2591 de 1991, que en el artículo 1 establece: «Toda
persona tendrá acción de tutela para reclamar ante los jueces, en todo momento y
lugar, mediante un procedimiento preferente y sumario, por sí misma o por quien
actúe en su nombre, la protección inmediata de sus derechos constitucionales
fundamentales, cuando quiera que estos resulten vulnerados o amenazados por la
acción o la omisión de cualquier autoridad pública o de los particulares en los casos
que señala este decreto».
Esta acción procede cuando el afectado no disponga de otro medio de defensa
judicial, salvo que se utilice como mecanismo transitorio para evitar un perjuicio
irremediable.
Acción de tutela contra providencias judiciales
En cuanto a la acción de tutela como mecanismo para controvertir providencias
judiciales, se precisa que, de manera excepcional, se reconoce la procedencia
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cuando se advierte la afectación manifiesta de los derechos constitucionales
fundamentales.
La Sala Plena de lo Contencioso Administrativo del Consejo de Estado, en
sentencia de 31 de julio de 2012, Exp. 2009-01328-01, aceptó la acción la tutela
contra providencia judicial y acogió el criterio de la procedencia excepcional3, para
lo cual aplicó la metodología desarrollada por la Corte Constitucional en la
sentencia C-590 de 2005 para estudiar si, en un caso concreto, procede o no el
amparo solicitado, mediante el empleo de las causales generales4 y específicas5 de
procedencia de la acción de tutela.
Problema jurídico
De conformidad con lo expuesto en la impugnación, a la Sala le corresponde
determinar si la presente solicitud de amparo cumple el requisito de relevancia
constitucional o si, por el contrario, procede el estudio de fondo de la presunta
vulneración de los derechos fundamentales invocados por la parte actora, por parte
del Tribunal Administrativo de Risaralda, al negar el reconocimiento de la sanción
moratoria por el pago tardío de las cesantías, con fundamento en que la aplicación
de las Leyes 244 de 1995 y 1071 de 2006 únicamente resulta procedente respecto
de los servidores públicos sometidos al régimen anualizado de cesantías.
En ese sentido, corresponde a la Sala determinar si debe modificar, revocar o
confirmar la decisión impugnada y, solo en caso de que se encuentren superados
los requisitos generales para la procedencia de la tutela contra providencias
judiciales, procederá a estudiar si la sentencia del 24 de julio de 2025, proferida por
el Tribunal Administrativo del Putumayo, en el marco del proceso de nulidad y
restablecimiento del derecho con radicado núm. 86001-33-33-002-2020-00092-
00/01, incurrió en los defectos sustantivo, desconocimiento del precedente
jurisprudencial y violación directa de la Constitución.
La Sala anticipa que revocará la decisión impugnada y accederá a las pretensiones
de la solicitud de tutela, dado que el tribunal accionado incurrió en los defectos
alegados por el accionante, como se pasará a explicar.
3 La Sala Plena de lo Contencioso Administrativo y las distintas Secciones que la componen, antes y después
del pronunciamiento de 29 de junio de 2004 (Expediente AC-10203), han abierto paso la acción de tutela, de
manera excepcional, cuando se ha advertido la vulneración de derechos constitucionales fundamentales. De
ahí que en esa oportunidad – sentencia de 31 de julio de 2012 – se admita, que debe acometerse el estudio de
fondo, cuando se esté en presencia de providencias judiciales que resulten violatorias de derechos
fundamentales, observando al efecto los parámetros fijados hasta el momento jurisprudencialmente. (Se
destaca)
4 Causales genéricas de procedibilidad o requisitos generales de procedencia de la tutela contra providencia
judicial son: (i) Que la cuestión que se discuta resulte de evidente relevancia constitucional; (ii) Que se hayan
agotado todos los medios ordinarios y extraordinarios de defensa judicial al alcance de la persona afectada,
salvo que se trate de evitar la consumación de un perjuicio iusfundamental irremediable; (iii) Que se cumpla
con el requisito de la inmediatez; (iv) Cuando se trate de una irregularidad procesal ésta debe tener un efecto
determinante en la sentencia que se impugna y afectar los derechos fundamentales de la parte actora; (v) Que
la parte actora identifique de manera razonable tanto los hechos que generaron la vulneración como los
derechos que se transgredieron y que tal vulneración hubiere sido alegada en el proceso judicial siempre que
esto hubiere sido posible y, (vi) Que no se trate de sentencias de tutela.
5 La configuración de una causal especial de procedibilidad, supone que la providencia controvertida haya
incurrido en alguno de los siguientes defectos: (i) orgánico; (ii) procedimental absoluto; (iii) fáctico, (iv) material
o sustantivo; (v) error inducido; (vi) decisión sin motivación; (vii) desconocimiento del precedente constitucional
que establece el alcance de un derecho fundamental y, (viii) violación directa de la Constitución.
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Para llegar a esa conclusión, la Sala se referirá a los siguientes asuntos: (i) del
cumplimiento de los requisitos generales de procedencia de la acción de tutela en
el presente caso, y (ii) de los defectos sustantivo, desconocimiento del precedente
judicial y violación directa de la Constitución en el caso concreto.
Del cumplimiento de los requisitos generales de procedencia de la acción de
tutela en el presente caso
La Sala anota que la acción de tutela cumple con el (i) requisito general de
relevancia constitucional porque la parte actora invoca la protección de los
derechos fundamentales al debido proceso, al acceso a la administración de
justicia, a la igualdad y a la defensa, así como del principio de favorabilidad en
materia laboral, por la falta de aplicación de los artículos 2 de la Ley 244 de 1995 y
5 de la Ley 1071 de 2006, los cuales prevén la sanción moratoria por el pago tardío
de las cesantías en favor de los servidores públicos, sin distinción del régimen al
cual pertenecen (retroactivo o anualizado de cesantías). En esa medida, se advierte
que se sustentan con suficiencia las razones por las que la decisión judicial
cuestionada afecta dichos derechos y no se trata de un asunto de mera legalidad o
económico y los cuestionamientos tienen que ver con la ratio decidendi.
Se cumple con el (ii) requisito general de subsidiariedad, toda vez que los
argumentos invocados no se enmarcan en las causales del recurso extraordinario
de revisión o de algún otro medio de defensa idóneo para la defensa de los
derechos que invoca vulnerados. (iii) frente al requisito general de inmediatez se
advierte que la sentencia de segunda instancia fue proferida el 24 de julio de 2025,
se notificó por correo electrónico del 25 de julio de 2025, y el ejercicio de acción de
tutela tuvo lugar el 18 de diciembre de 2025, es decir, se promovió dentro de los
seis meses siguientes a la notificación, lo que satisface el requisito previsto por la
Corte Constitucional para el ejercicio de la acción de tutela contra providencia
judicial.
La Sala encuentra satisfechos los requisitos generales de procedencia, si se tiene
en cuenta que (iv) el accionante alega irregularidades que generan un efecto
determinante y afectan los derechos fundamentales de la parte actora; (v) la parte
actora identificó de manera razonable los hechos que generaron la vulneración y
(vi) no se cuestionan sentencias de tutela.
Por lo que la Sala pasa a analizar si se configuran los defectos invocados.
De los defectos sustantivo6, desconocimiento del precedente judicial7 y
6 Como lo ha reiterado esta Sala, en los términos de la sentencia T – 1009 de 2000 de la Corte Constitucional, se presenta el denominado
defecto sustantivo cuando la decisión judicial es proferida con fundamento en una norma claramente inaplicable al caso concreto, ya sea
porque perdió vigencia, porque su aplicación resulta del todo inconstitucional o, porque su contenido no guarda relación de conexidad material
con los presupuestos de hecho a los cuales se ha aplicado. Sin embargo, para que se predique tal defecto es preciso tener en cuenta que la
acción de tutela no puede interponerse para controvertir la razonable interpretación de una norma legal o reglamentaria, en razón de que los
jueces son autónomos para escoger entre diversas interpretaciones de una disposición legal, la que consideren más acorde con el
ordenamiento jurídico (art. 230 de la Constitución Política).
Para la Corte Constitucional, una providencia judicial adolece de un defecto sustantivo cuando: (i) la norma aplicable al caso es claramente
inadvertida o no tenida en cuenta por el fallador, (ii) a pesar del amplio margen interpretativo que la Constitución le reconoce a las autoridades
judiciales, la aplicación final de la regla es inaceptable por tratarse de una interpretación contraevidente (interpretación contra legem) o
claramente perjudicial para los intereses legítimos de una de las partes (irrazonable o desproporcionada), y, finalmente, (iii) cuando el fallador
desconoce las sentencias con efectos erga omnes tanto de la jurisdicción constitucional como de la jurisdicción de lo contencioso administrativo,
cuyos precedentes se ubican en el mismo rango de la norma sobre la que pesa la cosa juzgada respectiva (Sentencia T – 462 de 2003, Corte
Constitucional).
7 Cuando se hace referencia al precedente judicial se alude a la forma en que un caso similar ya ha sido resuelto en el pasado y que sirve
como referente para que se decidan otros conflictos semejantes. Ese precedente, por su pertinencia, debe ser considerado por el juez al
momento de decidir el nuevo caso. El precedente judicial es de dos tipos: (i) el horizontal, que incluye las decisiones que dictó el mismo juez
u otro de igual jerarquía, y (ii) el vertical, que está conformado por las decisiones de los jueces de superior jerarquía, en especial, las decisiones
de los órganos de cierre de cada jurisdicción.
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violación directa de la Constitución8 en el caso concreto
En primer lugar, la parte actora alegó que la sentencia proferida por el Tribunal
Administrativo del Putumayo adolece de defecto sustantivo derivado de la falta de
aplicación de los artículos 2 de la Ley 244 de 1995 y 5 de la Ley 1071 de 2006.
Según explicó, dichas disposiciones consagran la sanción moratoria por el pago
tardío de las cesantías en favor de los servidores públicos, sin establecer distinción
alguna entre quienes se encuentran cobijados por el régimen retroactivo y aquellos
vinculados al régimen anualizado de cesantías.
A juicio del demandante, esta omisión condujo a que el tribunal vulnerara
directamente sus derechos fundamentales al debido proceso, al acceso a la
administración de justicia, a la igualdad y a la defensa, así como el principio de
favorabilidad en materia laboral. Por tal razón, sostuvo que la providencia
cuestionada incurrió en violación directa de la Constitución.
Por último, argumentó que la decisión también desconoció el precedente
jurisprudencial aplicable, al apartarse de lo resuelto por la Sección Segunda del
Consejo de Estado en la sentencia de unificación del 18 de julio de 2018. Señaló
que, en dicha providencia, se precisó que la sanción moratoria de las Leyes 244
de 1995 y 1071 de 2006 resulta aplicable a todos los servidores públicos, incluidos
los docentes del sector oficial, criterio que, según la parte actora, fue ignorado por
el Tribunal Administrativo del Putumayo al resolver el caso concreto.
Ahora bien, al revisar el proceso de nulidad y restablecimiento del derecho, la Sala
encuentra que el señor Víctor Manuel Liñeiro Coronado promovió demanda, en
ejercicio del medio de control de nulidad y restablecimiento del derecho, contra el
departamento del Putumayo, con el fin de que se declarara la nulidad del acto
administrativo que negó el reconocimiento y pago de la sanción moratoria por el
pago tardío de cesantías parciales, solicitud que había sido realizada con
fundamento en las Leyes 244 de 1995 y 1071 de 2006.
El conocimiento del asunto en primera instancia correspondió al Juzgado Segundo
Administrativo del Circuito de Mocoa que, mediante sentencia del 28 de febrero de
2023, declaró la nulidad del acto administrativo demandado. A título de
restablecimiento del derecho, condenó al departamento del Putumayo a reconocer,
liquidar y pagar al señor Liñeiro Coronado la sanción moratoria por el pago tardío
de las cesantías, causada entre el 9 de mayo de 2017 y el 24 de mayo de 2019.
Dicho de otro modo: las situaciones fácticas iguales deben decidirse conforme con la misma solución jurídica que ha previsto el órgano de
cierre de cada jurisdicción, a menos que el juez competente exprese razones serias y suficientes para apartarse del precedente. Cuando un
juez no aplica la misma razón de derecho ni llega a la misma conclusión jurídica al analizar los mismos supuestos de hecho, incurre en la
violación al derecho a la igualdad. No obstante, la importancia de la regla de vinculación del precedente judicial, la jurisprudencia de la Corte
Constitucional ha señalado que esa sujeción no es absoluta, pues no se puede desconocer la libertad de interpretación que rige la actividad
judicial. Simplemente se busca armonizar y salvaguardar los principios de igualdad y seguridad jurídica para que asuntos idénticos se decidan
de la misma forma y, por esa razón, se ha advertido que el funcionario judicial puede apartarse de su propio precedente o del precedente fijado
por el superior jerárquico, siempre que explique de manera expresa, amplia y suficiente las razones por las que modifica su posición, de ahí
que al juez corresponde la carga argumentativa de la separación del caso resuelto con anterioridad.
8 En sentencia SU-069 de 2018 la Corte Constitucional, en cuanto a la violación directa de la Constitución, precisó que el desconocimiento de
la Constitución puede producirse por diferentes hipótesis. Así, se ha sostenido que esta figura se estructura cuando el juez en la decisión
desconoce la Carta. Ello puede ocurrir, primero, porque no se aplica una norma fundamental al caso en estudio, lo cual se presenta porque:
(a) en la solución del caso se dejó de interpretar y aplicar una disposición legal de conformidad con el precedente constitucional; (b) se trata
de un derecho fundamental de aplicación inmediata; y (c) en las decisiones se vulneraron derechos fundamentales y no se tuvo en cuenta el
principio de interpretación conforme con la Constitución. En segundo lugar, porque se aplica la ley al margen de los preceptos consagrados
en la Constitución. En este caso, se ha señalado que los jueces, en sus fallos, deben tener en cuenta la excepción de inconstitucionalidad
contenida en el artículo 4 Superior, en tanto la Carta es norma de normas y, cuando existe incompatibilidad con las disposiciones legales, debe
aplicarse de preferencia las constitucionales.
34. En suma, esta causal de procedencia específica de la acción de tutela se genera a partir del desconocimiento de los jueces de aplicar la
Constitución, conforme con el mandato consagrado en el artículo 4º de la Carta que antepone de manera preferente la aplicación de sus
postulados.
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En la parte considerativa, el juzgado resaltó la diferencia entre la sanción moratoria
de que trata la Ley 50 de 1990 y la establecida en las Leyes 244 de 1995 y 1071
de 2006. Para el efecto, señaló que la primera «es aquella sanción en la que incurre
el empleador cuando no consigna el auxilio de cesantías dentro de la fecha
establecida por el legislador, es decir, a 14 de febrero del año siguiente a su
liquidación». Entre tanto, la segunda «se constituye como una sanción al empleador
que irrumpe en la garantía a los derechos a la seguridad social y al pago oportuno
de las prestaciones sociales de los trabajadores, tanto del sector público como del
privado, a través de los mecanismos legales dispuestos por el legislador para el
pago de estas de manera ágil para la cancelación de un sustento que se torna
básico para aquellos y sus familias». Precisó que esta última «está destinada a los
empleados y trabajadores del Estado y de sus entidades descentralizadas
territorialmente y por servicios, independientemente del régimen de liquidación del
auxilio de cesantías».
Contra la anterior decisión, la entidad accionada interpuso recurso de apelación, al
considerar que al señor Liñeiro Coronado no le resulta aplicable las Leyes 50 de
1990 y 344 de 1996, las cuales establecen el régimen anualizado de cesantías. Lo
anterior, por cuanto su vinculación como empleado público de la entidad territorial
ocurrió con anterioridad a la entrada en vigor de la Ley 344 de 1966, circunstancia
que, a su juicio, determina su sometimiento al régimen retroactivo de cesantías.
Mediante sentencia del 24 de julio de 2025, el Tribunal Administrativo del
Putumayo, revocó la sentencia apelada y condenó en costas a la parte
demandante. Para sustentar dicha decisión, esa Corporación expuso que actor se
vinculó a la entidad territorial el 28 de febrero de 1994, es decir, antes de la entrada
en vigencia de la Ley 344 de 1966.
Por esa razón, concluyó que el accionante se encuentra cobijado por el régimen
retroactivo de cesantías y, en esa medida, se le debía aplicar las Leyes 10 de 1934,
6ª de 1945 y 65 de 1946 en lugar de las Leyes 244 de 1995 y 1071 de 2006.
Adicionalmente, señaló que tampoco obraba en el expediente prueba que
demostrara que el actor se hubiera trasladado voluntariamente al régimen de
liquidación anual de cesantías.
Al respecto, la Sala advierte que el Tribunal Administrativo del Putumayo revocó la
sentencia que accedía a las pretensiones, con fundamento en que la sanción
moratoria es propia del régimen anualizado y el accionante pertenece al régimen
retroactivo de cesantías, razón por la cual, a su juicio, no era procedente la
aplicación de las Leyes 244 de 1995 y 1071 de 2006 al caso del actor.
Pues bien, para resolver el reproche formulado por el accionante, resulta necesario
citar el contenido de las normas que este considera indebidamente omitidas por el
Tribunal Administrativo del Putumayo.
En primer lugar, el artículo 2 de la Ley 244 de 1995, «por medio de la cual se fijan
términos para el pago oportuno de cesantías para los servidores públicos, se
establecen sanciones y se dictan otras disposiciones», fija el plazo para el pago
oportuno de las cesantías y el monto de la sanción en caso de que dicha prestación
sea pagada tardíamente, así:
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Artículo 2º.- La entidad pública pagadora tendrá un plazo máximo de cuarenta y cinco
(45) días hábiles, a partir de la fecha de la cual quede en firme el acto administrativo
que ordena la liquidación de las Cesantías Definitivas del servidor público, para
cancelar esta prestación social.
Parágrafo.- En caso de mora en el pago de las cesantías de los servidores públicos,
la entidad obligada reconocerá y cancelará de sus propios recursos, al beneficiario, un
día de salario por cada día de retardo hasta que se haga efectivo el pago de las mismas,
para lo cual solo bastará acreditar la no cancelación dentro del término previsto en este
artículo. Sin embargo, la entidad podrá repetir contra el funcionario, cuando se
demuestre que la mora en el pago se produjo por culpa imputable a éste.
Por su parte, el artículo 5 de la Ley 1071 de 2006, «por medio de la cual se adiciona
y modifica la Ley 244 de 1995, se regula el pago de las cesantías definitivas o
parciales a los servidores públicos, se establecen sanciones y se fijan términos
para su cancelación», amplió su ámbito de aplicación a las cesantías parciales,
para las cuales mantuvo la misma consecuencia sancionatoria por mora en el
pago, así:
Artículo 5°. Mora en el pago. La entidad pública pagadora tendrá un plazo máximo de
cuarenta y cinco (45) días hábiles, a partir de la cual quede en firme el acto
administrativo que ordena la liquidación de las cesantías definitivas o parciales del
servidor público, para cancelar esta prestación social, sin perjuicio de lo establecido
para el Fondo Nacional de Ahorro.
Parágrafo. En caso de mora en el pago de las cesantías definitivas o parciales de los
servidores públicos, la entidad obligada reconocerá y cancelará de sus propios
recursos, al beneficiario, un día de salario por cada día de retardo hasta que se haga
efectivo el pago de las mismas, para lo cual solo bastará acreditar la no cancelación
dentro del término previsto en este artículo. Sin embargo, la entidad podrá repetir contra
el funcionario, cuando se demuestre que la mora en el pago se produjo por culpa
imputable a este.
En ese orden, del tenor literal de las normas precitadas, no se infiere que el
legislador hubiera condicionado la procedencia de esa sanción al régimen aplicable
al servidor público ni que hubiera limitado su reconocimiento a quienes se
encuentren vinculados al régimen anualizado. Por el contrario, las normas hacen
referencia de manera general a los servidores públicos, sin distinguir entre quienes
pertenecen al régimen anualizado y quienes están cobijados por el régimen
retroactivo.
Precisamente, ese ha sido el criterio uniforme y pacífico de la Sección Segunda del
Consejo de Estado, a partir de la sentencia de unificación del 18 de julio de 20189,
en la cual se unificó como postura jurisprudencial que «los docentes oficiales son
destinatarios de las Leyes 244 de 1995 y 1071 de 2006, razón por la cual pueden
reclamar la sanción moratoria por el reconocimiento o pago tardío de las cesantías
parciales o definitivas, sin hacer distinción al régimen prestacional al cual
pertenezcan».
Posteriormente, la Subsección A de la Sección Segunda de esta Corporación, en
sentencia del 5 de noviembre de 202010, estableció que «(…) quienes están
amparados por el régimen de retroactividad sí se pueden beneficiar de la
9 Ibidem.
10 Sentencia del 5 de noviembre de 2020. Consejo de Estado, Sección Segunda, Subsección A. Radicación núm.
76001-23-33-000-2016-00773-01 (0871-18). Magistrado ponente: Rafael Francisco Suárez Vargas.
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sanción moratoria, ante la tardanza en el pago de las cesantías definitivas, en
aplicación de la Ley 244 de 1995». Igualmente, enfatizó que «en adelante, la
Subsección seguirá la tesis según la cual sí es viable el reconocimiento de la
aludida sanción, ante la inoportunidad en el pago del auxilio definitivo de cesantías
de los beneficiarios del régimen de retroactividad».
En pronunciamientos más recientes, se observa que la Corporación mantiene la
misma postura. Así pues, en sentencia del 27 de febrero de 202511, la Subsección
A de la Sección Segunda, consideró que «a los beneficiarios del régimen retroactivo
de cesantías sí les resulta aplicable la sanción moratoria prevista en las Leyes 244
de 1995 y 1071 de 2006». Lo anterior, con fundamento en que el ámbito de
aplicación de la Ley 1071 de 2006 se encuentra delimitado a la calidad de servidor
público, sin distinción entre regímenes para su aplicación.
Por su parte, la Subsección B de la Sección Segunda, en sentencia del 10 de julio
de 202412, sostuvo lo siguiente:
Así pues, a partir de la entrada en vigencia de la Ley 1071 de 2006 se amplió el espectro
de la penalidad, inclusive a la liquidación parcial de cesantías y extendió su ámbito de
aplicación a todos los servidores estatales, así como a las entidades que prestan
servicios públicos, es decir, involucró a todos los servidores del Estado no solo del nivel
nacional sino territorial, lo cual permite que la sanción moratoria se torne viable ante la
tardanza en el reconocimiento y pago de las cesantías parciales o definitivas, de los
beneficiarios del régimen de retroactividad, en la medida que el legislador no excluyó
de ella a los beneficiarios del régimen de cesantías retroactivas24, pues tal y como
quedó expuesto en la exposición de motivos de la precitada norma que dio origen a la
sanción moratoria el legislador señaló que «la vida diaria enseña que una persona
especialmente en relación a los servidores públicos, comienza un largo proceso de
burocracia y de tramitología para lograr el cobro de sus cesantías, bien porque requiera
la liquidación parcial o porque ha terminado su vinculación laboral con la
administración; circunstancias éstas que traen consigo, como es sabido, la posibilidad
y efectividad de corrupción, porque ante la necesidad económica del trabajador, se
hace presente la mordida o coima para los funcionarios que están en la obligación de
hacer esos trámites. Este hecho origina además cierto tipo de favorecimiento y que se
modifique el orden de radicación de las solicitudes, prácticamente al mejor postor».
Por las anteriores razones, la Sala advierte que el Tribunal Administrativo del
Putumayo omitió aplicar las Leyes 244 de 1995 y 1071 de 2006 al caso del actor,
apartándose de la postura uniforme y pacífica del Consejo de Estado como órgano
de cierre de la jurisdicción contencioso-administrativa, según la cual es procedente
el reconocimiento de la sanción moratoria a los servidores públicos, con
fundamento en las precitadas disposiciones, con independencia al régimen de
cesantías al cual pertenezcan13.
Así las cosas, la Sección considera que el Tribunal accionado incurrió en los
defectos alegados por el accionante, por lo que revocará el fallo de primera
instancia y concederá el amparo de los derechos fundamentales al debido proceso,
al acceso a la administración de justicia, a la igualdad y a la defensa, así como del
principio de favorabilidad en materia laboral. En consecuencia, se dejará sin efectos
la sentencia del 24 de julio de 2025, para, en su lugar, ordenar al Tribunal
11 Sentencia del 27 de febrero de 2025. Consejo de Estado, Sección Segunda, Subsección A. Radicación núm. 13001-23-
33-000-2018-00569-01 (3291-2022). Magistrado ponente: Luis Eduardo Mesa Nieves.
12 Sentencia del 10 de julio de 2024. Consejo de Estado, Sección Segunda, Subsección B. Radicación núm. 25000-23-42-
000-2018-02066-01 (6673-2022). Magistrado ponente: Juan Enrique Bedoya Escobar.
13 Se reitera el criterio adoptado por la Sección en fallo de 12 de febrero de 2026, expediente 11001-03-15-000-2025-08095-
00. Magistrado ponente: Luis Antonio Rodríguez Montaño.
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Demandante: Víctor Manuel Liñeiro Coronado
Administrativo del Putumayo que, dentro de los 20 días siguientes a la notificación
de esta providencia profiera una nueva decisión en la que se estudie el caso objeto
de discusión a la luz de las Leyes 244 de 1995 y 1071 de 2006.
En mérito de lo expuesto, el Consejo de Estado, por medio de la Sección Cuarta –
Sala de lo Contencioso Administrativo, administrando justicia en nombre de la
República de Colombia y por autoridad de la ley,
FALLA
1. Revocar la decisión de primera instancia. En su lugar:
2. Amparar los derechos fundamentales al debido proceso y de acceso a la
administración de justicia de Víctor Manuel Liñeiro Coronado.
3. Dejar sin efecto la sentencia del 24 de julio de 2025, proferida por el Tribunal
Administrativo del Putumayo dentro del medio de control de nulidad y
restablecimiento del derecho con radicado núm. 86001-33-33-002-2020-00092-
00/01. En consecuencia, ordenar al Tribunal Administrativo del Putumayo que,
dentro de los veinte (20) días siguientes a la notificación de esta providencia profiera
una nueva decisión en la que se tenga en cuenta lo expuesto en la parte
considerativa.
4. Enviar a la Corte Constitucional para su eventual revisión.
5. Notificar a las partes por el medio más expedito posible.
6. Publicar la presente providencia en la página web del Consejo de Estado.
Notifíquese y cúmplase.
(Firmado electrónicamente) (Firmado electrónicamente)
LUIS ANTONIO RODRÍGUEZ MONTAÑO MYRIAM STELLA GUTIÉRREZ ARGÜELLO
Presidente
(Firmado electrónicamente) (Firmado electrónicamente)
WILSON RAMOS GIRÓN CLAUDIA RODRÍGUEZ VELÁSQUEZ
La validez e integridad pueden comprobarse acudiendo a la siguiente dirección electrónica:
https://samai.consejodeestado.gov.co/Vistas/documentos/evalidador
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Fuente: https://samaicore.consejodeestado.gov.co/api/DescargarProvidenciaPublica/1100103/11001031500020250808901/EA5A36C1104FA801DD84F687A8EEB9310DA1CC8A30AE1334A12C713BE91F7681/2

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